how come - 驚きのなぜ・どうして

"how come" は「どうして、なぜ」という意味で起こったことに対して原因・理由を聞く時に使われるフレーズです。

how come と why の違い

why の方があらゆる状況の「なぜ？」に使えます。

how come は思っていたことと違うことが起こっていることに対して「なぜそうなっているの？」と聞きたい時に使われます。why はそういった状況でも、単に理由や目的が知りたい時にも使われます。

how come には「驚き」が含まれます。why を使っている場合でも驚いているかもしれませんが、言葉にはそのニュアンスはありません。「え！なんで？！」というニュアンスを表現したい場合は how come の方が当てはまります。
how come は "How come we get into this situation?"「なんでこんな状況なんだろう…」といったように返答を求めていない場合でも使われます。

また how come は未来のことについて「なぜそうなるの？」という形では使われません。

why はカジュアルでもフォーマルでも使われますが、how come はカジュアルな表現で、フォーマルな場面ではあまり使用されないそうです。

文法の違いもあります。how come は疑問文ではありますが、後に続くフレーズは「主語 動詞」の順番です。

"How come 主語 動詞?"

"Why 動詞 主語?"

how come は実は省略形

"How did it come about that" が "how come" の正式なフレーズです。「どのようにして〇〇になったのか」という意味なので、詳しく状況を知りたいというニュアンスがあります。

このフレーズが分かっていると why との違いや how come のニュアンスがより明確になっていきます。

"How did it" なのですでに起こったことを聞いています。これが未来形で how come が使われない理由です。
did が使われているので come が came になることもありません。

"come about that" で使われるのは that節というもので、この後ろは平叙文になります。なので省略された時にも "How come 主語 動詞?" という形になります。